Научно-исследовательский институт кардиологии был основан в 1980 году. Необходимость его организации возникла еще в 70-е годы в связи с ростом заболеваемости, смертности и инвалидности населения от болезней системы кровообращения.
Для решения проблемы сердечно-сосудистых заболеваний по инициативе академика Е.И. Чазова в СССР была создана специализированная кардиологическая служба. В 1977 году в соответствии с Постановлением Совета Министров СССР вслед за первым институтом кардиологии в Москве стали появляться республиканские НИИ кардиологии. В Ленинграде НИИ создавался как институт кардиологии РСФСР. Инициатива его создания принадлежала заведующему кафедрой факультетской терапии 1-го ЛМИ им. акад. И.П. Павлова профессору В.А. Алмазову.
При содействии руководства города институту был передан кардиоревматологический диспансер и стационар на 300 коек, выделены средства на ремонт клиники. Была поставлена задача совершенствования и создания новых методов диагностики, лечения и профилактики сердечно-сосудистых заболеваний для снижения заболеваемости и смертности, укрепления здоровья населения. В институте был создан дистанционный диагностический центр, где специалисты анализировали передаваемые по телефонным линиям связи электрокардиограммы; в консультативно-поликлиническом отделении центра получали консультации тысячи горожан.
Для выполнения научно-клинических исследований в НИИ кардиологии были развернуты отделения артериальной гипертензии (АГ), ишемической болезни сердца (ИБС), неотложной кардиологии; организован блок интенсивной терапии. Работающие на новой клинической базе высококвалифицированные врачи и научные сотрудники уже в первые годы работы института выполняли сложные фундаментальные и прикладные научно-исследовательские работы (НИР); сложились коллективы единомышленников, закладывался фундамент новой научно-клинической школы. С первых дней существования института были начаты исследования по созданию образцов отечественной медицинской техники. Так, в 1983 году в лаборатории клинической физиологии кровообращения был создан первый отечественный портативный кардиомонитор. В конце 80-х годов институт выступил медицинским соисполнителем при создании портативного электрокардиографа "Гном", реанимационных комплексов "Тревога В-4" и "Кардиокомплекс-5". Была разработана методология дистанционных клинических консультаций; внедрено использование дистанционного диагностического центра для массовых обследований в коллективах.
Новый уровень оказания медицинской помощи связан с созданием в институте в 1987 году отдела кардиохирургии. В аренду институту передали помещения в новом здании городской больницы №4, выделили ангиографическую установку. Организацию современного кардиохирургического центра поддержали ЦКБ «Рубин», Ленинградский Металлический завод и другие промышленные предприятия города. Благодаря этой помощи первая операция в условиях искусственного кровообращения была успешно проведена уже в 1988 г.
К настоящему времени таких операций в институте выполнено около 5000. 1991 год стал этапным в совершенствовании организационной структуры института. По инициативе В.А. Алмазова для ускорения внедрения результатов научных разработок в клиническую практику научные и лечебные подразделения объединились в единые научно-клинические отделения (НКО). В 2004 году институт получил разрешение Высшей аттестационной комиссии Минобразования и науки РФ на создание Диссертационного совета по защите докторских и кандидатских диссертаций по специальности "кардиология".Приказ о создании Совета был подписан 2 июля 2004 года, а в сентябре уже успешно прошли первые защиты. С 2001 по н.в. директором НИИ кардиологии является ученик и последователь академика Алмазова профессор Шляхто Е.В. В 2002 году институту было присвоено имя его основателя и первого директора В.А. Алмазова. В связи с развитием дополнительных научно-исследовательских направлений и расширением научных и технических возможностей институт кардиологии в соответствии с приказом Федерального агентства по здравоохранению и социальному развитию №942 от 10.11.2006 был переименован в Федеральный центр сердца, крови и эндокринологии имени В.А. Алмазова.
Сегодня Центр Алмазова - один из ведущих российских центров по оказанию высококвалифицированной кардиологической и кардиохирургической помощи населению, выполнению научных исследований фундаментального и прикладного характера, подготовке научных кадров, повышению квалификации врачей. За 25 лет состоялась успешная защиты 23 докторских и 89 кандидатских диссертаций, было опубликовано более 30 монографий и учебников, более 650 статей в отечественных и зарубежных журналах, получено 29 патентов на изобретения и подготовлено около 80 методических рекомендаций и пособий для врачей. В 1999 году зарегистрировано открытие «Закономерность барорефлекторной регуляции артериального давления у млекопитающих при действии эмоционального напряжения» (Свидетельство № А-136 от 04.03.1999). Еще в 80-е годы стало ясно, что интенсивное развитие института сдерживается ограниченностью площадей.
В 1987 году было начато проектирование, а в июле 1988 года - строительство современного клинико-поликлинического комплекса на 480 коек с поликлиническим отделением на 360 посещений в смену. Строительство должно было быть завершено в 1992 году, однако, в связи с недостаточным финансированием работы были приостановлены почти на 15 лет. Новый виток в судьбе недостроенного здания начался после включения объекта в Перечень поручений Президента Российской Федерации В.В.Путина по подготовке к 300-летию основания Санкт-Петербурга. Торжественное открытие 1-го пускового комплекса клинико-поликлинического корпус НИИ кардиологии состоялось 1 сентября 2006 года с введением в работу поликлиники, рассчитанной на 360 посещений в сутки при работе в 2 смены, и крупнейшей в городе станции переливания крови и ее компонентов (до 6000 л в год). Новое здание, с которым связано будущее института, обеспечит существенное расширение возможностей оказания высокотехнологичной кардиологической и кардиохирургической помощи десяткам тысяч больных Северо-Западного региона России.
